Dank seiner vielfachen positiven Ladungen ist Chitosan in der Lage viele Schwermetallionen an sich zu binden. Das heißt, es werden die positiven Gruppen abgespalten und die freien Bindungsstellen des Chitosans binden die Schwermetalle. Allerdings ist der Effekt wesentlich größer, wenn man anstatt Pulver Pellets oder Granulat verwendet. Diese Formen haben eine wesentlich größere, innere Oberfläche (d.h. mehr Oberfläche im Verhältnis zum Volumen) und können deshalb auch mehr Schwermetalle absorbieren. Eine andere Möglichkeit mit Hilfe von Chitosan Lösungen von Schwermetallen zu befreien, ist die mittels einer Membran. Durchströmt die Lösung die Membran lagern sich die Schwermetallionen in ihr ab. Für die Abwasseraufbereitung ist diese Methode allerdings ungeeignet, da das Durchströmen der Membran bei großen Mengen schwierig umzusetzen ist und eine Membran relativ schnell gesättigt ist (sie kann dann keine Ionen mehr binden).