In diesen Bereichen trägt Chitosan entscheidend zum Umweltschutz bei. Beispielsweise eignet es sich hervorragend als Alternative zu konventionellen Fungiziden. Es hat zum einen zwar eine antibakterielle Wirkung aber zum anderen tötet es nicht flächendeckend jegliche Pilze ab. Vielmehr erschwert es das Ansiedeln von Bakterien und Pilzen, wenn es als Schutzfilm direkt auf die Frucht gesprüht wird. Auch ließen sich konventionell angebaute Früchte, nicht wie sonst üblich mit einer Wachs-, sondern stattdessen mit einer Chitosan-Schicht überziehen. Gegenüber dem Wachs hat Chitosan den Vorteil, dass es selbst als Konservierungsmittel fungiert und außerdem lässt sich durch mehrmaliges Auf- und Abtragen von Chitosan das eingesetzte Fungizid entfernen.

Eine weiterer Einsatzbereich ist der Schutz vor Getreide-Pilzen. Kanadische Forscher fanden heraus, dass durch eine Chitosan-Behandlung von Getreide bis zu 50% weniger Pilze als bei einer Behandlung mit konventionellem Beizmitteln auftreten. Dank Chitosan steigt der Ligningehalt der Kornschale, was sie resistenter gegen Pilze macht. Außerdem bewirkt Chitosan, dass die keimenden Pflanzen mehr Phenolsäuren bilden, die ein natürliches pflanzliches Fungizid sind. Dadurch ist nicht nur das Korn, sondern auch die keimende, junge Pflanze besser gegen Pilzbefall geschützt.
Chitosan lässt sich in der Landwirtschaft allerdings nicht nur für den Schutz von Pflanzen und Ernte einsetzen. Es ist darüber hinaus auch als wasserlösliches Derivat zur Pflanzenstärkung im Handel erhältlich. Beim"Emder Institut für Umwelttechnik EUTEC" wurde das Pflanzenstärkungsmittel „ChitoPlant“ entwickelt, das die Wurzelbildung beschleunigt, die Resistenz gegen Infektionen erhöht und die Bildung von Symbiose praktizierenden Pilzen begünstigt. Das Stärkungsmittel ist in der Lage, Ernteerträge um bis zu 15% zu steigern.